在众多的菌种保藏方法中，冷冻真空干燥法所提供的低温、真空条件，可使所保藏的菌种保藏更长的时间。例如，王永成等人对布氏菌株的冻干进行了研究，将冻干保存了14～19年的11株布氏菌株接种、培养后，对其进行观察，全部存活。另有报道称冻干保存鼠疫菌25年。
而且在冻干菌株被使用时，只需提供水分使之复水即可再生，方便实际应用。冻干菌株保藏效果也较其他方法优越。
邵伟等人研究了醋酸菌菌种的冻干。将30℃培养2～3天的醋酸菌斜面，分别用3mL的5%、10%和20%的无菌脱脂牛奶洗下，制成菌悬液，充分混匀，用无菌吸管加入无菌安瓿管中。并将它们分2组分别置于-30℃或-60℃预冻2h,然后取出进行冷冻干燥。
冷冻干燥机接通电源后，在温度降至-40℃时，放入装有菌体的安瓿管，开启真空泵，冻干机经过3～5min温度降至-55℃，待真空表读数稳定不变后，保持4～8h,然后，将安瓿管封口保存。将经不同方式处理的醋酸菌保藏种置于4~10℃保藏一年后取出，用无菌生理盐水溶解制成菌悬液，稀释成不同浓度，再分别涂布于3个培养皿，培养72h观察计数，取其平均值。预冻温度对冻干菌的影响见图5-1。
图5-1表明，从细胞存活数的计数统计来看，-60℃预冻的效果相对要好。这是因为菌悬液在-30℃预冻时，其温度已降到冰点以下，但结冰不够坚实，真空干燥时易使菌悬液沸腾，菌体细胞受损失较多。而在-60℃预冻时，结冰速率大且坚实，细胞损伤较少。
图5-2是-60℃预冻并冻干的醋酸杆菌，经不同保藏方式，在不同保藏时间后的活菌数比较。
图5-2表明，醋酸菌在一年的保藏期内，冻干保藏的菌种其产酸能力下降较少，基本能保持稳定，而斜面保藏和液体保藏的菌种其产酸能力下降梯度大。可见，用冷冻干燥法保藏的醋酸菌在保持产酸能力方面有明显的优势。
